Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar Yakushima tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 15 °C De maanden met de meeste regen in Yakushima zijn juni, september, mei en juli. Deze maanden valt er gemiddeld 364 mm regen.