Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar Sde Boker tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 14 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Sde Boker is 131 mm.