Rekening houden met het weer in San Agustín kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 18 °C. De koudste maanden zijn augustus en september, met een gemiddelde temperatuur van 17 °C De maanden met de meeste regen in San Agustín zijn april, maart, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 305 mm regen.