Rekening houden met het weer in Towadakohan Onsen is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 19 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van -2 °C De maanden met de meeste regen in Towadakohan Onsen zijn augustus, juli, september en oktober. Deze maanden valt er gemiddeld 196 mm regen.