Het weer speelt waarschijnlijk een grote rol als je je reis plant naar Pekalongan. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk oktober en mei, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Pekalongan zijn februari, januari, december en maart. Deze maanden valt er gemiddeld 453 mm regen.