Rekening houden met het weer in Namugongo is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 22 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 21 °C De maanden met de meeste regen in Namugongo zijn april, november, mei en maart. Deze maanden valt er gemiddeld 185 mm regen.