Rekening houden met het weer in Manadhoo is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk mei en april, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C De maanden met de meeste regen in Manadhoo zijn mei, november, oktober en december. Deze maanden valt er gemiddeld 257 mm regen.