Rekening houden met het weer in Kikaijima kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 17 °C De maanden met de meeste regen in Kikaijima zijn juni, mei, augustus en september. Deze maanden valt er gemiddeld 310 mm regen.