Rekening houden met het weer in Ambon is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en december, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in Ambon zijn mei, juni, juli en april. Deze maanden valt er gemiddeld 350 mm regen.