La réserve aquatique de Mosquito Lagoon est située dans le centre-est de la Floride dans le sud du comté de Volusia au sud de Ponce de Leon Inlet. Il est adjacent à deux municipalités incorporées - New Smyrna Beach et Edgewater - et à 50 miles au nord-est d'Orlando. La lagune Mosquito fait partie du système de la lagune Indian River (IRL), une longue lagune estuarienne large et peu profonde limitée à l'ouest par le continent de Floride et à l'est par une chaîne d'îles barrières. La réserve aquatique de Mosquito Lagoon se trouve dans le sous-bassin le plus septentrional du réseau IRL et est un estuaire de type bar. Le système IRL s'étend sur 156 milles de Ponce de Leon Inlet à l'extrémité nord à Jupiter Inlet à l'extrémité sud. Il abrite des grands dauphins, des tortues marines, des lamantins, une variété d'espèces de poissons, des alligators et des oiseaux. De plus, il abrite l'étendue la plus septentrionale de l'habitat des mangroves rouges et noires, des habitats des marais bas et des marais hauts, de vastes barres à huîtres et des battures.