Het fort werd grondig verbouwd door Innocentius III en Urbanus V. Die laatste koos het als zijn zomerresidentie tijdens de jaren dat hij in Italië verbleef: van 1367 tot 1370. Tijdens de periode van de ballingschap in Avignon was het het politieke centrum van het hele Patrimonium van San Pietro in Tuscia, de term die wordt gebruikt voor de huidige provincie Viterbo. Het speelde een cruciale rol, vooral dankzij kardinaal Egidio Albornoz. Tegen het einde van de 15e eeuw, startte Alexander IV een programma om de pauselijke forten militair aan te passen, en Antonio da Sangallo de Oudere maakte een ontwerp voor de renovatie van het fort van Montefiascone om het aan te passen aan de nieuwe oorlogseisen die waren ontstaan door het gebruik van buskruit en kanonnen. In de allereerste jaren van de 16e eeuw gaf paus Julius II opdracht om de restauratie voort te zetten, en Leo X vertrouwde vervolgens de leiding over de bouw toe aan Antonio da Sangallo de Jongere. Het begin van het verval van het monument wordt toegeschreven aan Paulus III Farnese, die de kanonnen van de Rocca verplaatste naar het fort dat hij in Perugia had laten bouwen en de zetel van de rector van het Patrimonium naar Viterbo verplaatste. Aan het einde van de 17e eeuw werd het fort in vruchtgebruik overgedragen aan kardinaal Barbarigo, die er bouwmateriaal uit haalde voor de bouw van het seminarie en de overgebleven gebouwen gebruikte als opslagplaats en drukkerij.