Elafonisi is een langwerpig eiland, dat vaak in twee delen “breekt” door water waardoor de indruk wordt gewekt een apart eiland en een “Natura 2000” beschermd gebied te zijn. Het eiland staat vol met duinen met zandlelies en jeneverbessen (zoals cederbomen). De bedreigde schildpadden Caretta-Caretta en verschillende zeldzame dieren nestelen op het eiland en het is ten strengste verboden om planten, dieren uit het gebied te verwijderen. Exotisch strand met wit zand en turquoise water, die doet denken aan het Caribisch gebied, worden gevormd aan weerszijden van het schiereiland. Het zand is op veel plaatsen rozeachtig en ontleent zijn kleur aan duizenden gebroken schelpen. Vlakbij het “breekpunt” van het schiereiland komt het water niet hoger dan 1m, waardoor een kleine lagune ontstaat, ideaal voor kinderen.