In de begane grond zijn de grootste overblijfselen van het museum opgeslagen : sculpturen van gouverneurs, voorstellingen van gevarieerde religieuze rituelen en interessante mythen, en de beste delen van de beroemde monumenten van Mérida, de geheimen van hun gladiatorenspelen en uitgebreide theaterproducties. In de eerste verdieping wachten de dagelijkse voorwerpen in een opmerkelijke staat van bewaring: voorwerpen uit de keuken, het kantoor, de kinderkamer en de dameskleedkamer, allemaal dragers van merkwaardige tradities. In de Tweede Verdieping spreken de bewoners van het oude Mérida terug tot ons moderne bezoekers door middel van boodschappen in gigantische mozaïeken en minuscule tabletten. Ze vertellen ons waar ze vandaan kwamen, hun kleurrijke beroepen, hun romances en tragedies, en hun vele avonturen twee millenia geleden. Tot slot kunnen de klanten in de Cript, vergezeld door de Gids, een levende archeologische opgraving bezoeken recht onder de voeten van de best bewaarde Romeinse stad van Spanje.