Le Musée du Génocide (S-21) a servi de centre central d’un vaste système pénitentiaire à travers le pays et a été utilisé tout au long de cette période comme centre secret pour la détention, l’interrogatoire, la torture et l’extermination de ceux considérés comme des « ennemis politiques » du régime. En raison d'une politique de culpabilité par association, des familles entières étaient parfois détenues au centre. Très peu de détenus ont été libérés de prison au cours des années 1975 et 1979. Seuls 12 anciens détenus ont survécu à l'ouverture de S-21 lors de la libération de Phnom Penh. Quatre d'entre eux étaient des enfants.
Killing Field entre 1975 et 1979 par les Khmers rouges dans la perpétration du génocide cambodgien. Situé à environ 17 kilomètres (11 mi) au sud du centre-ville, il était rattaché au centre de détention de Tuol Sleng. Les corps de 8 895 victimes ont été exhumés du site après la chute des Rouges, qui y auraient été exécutés – généralement avec des pioches pour économiser les balles – avant d'être enterrés dans des fosses communes.