Rekening houden met het weer in San Jose del Guaviaro is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 24 °C De maanden met de meeste regen in San Jose del Guaviaro zijn mei, april, juni en juli. Deze maanden valt er gemiddeld 390 mm regen.