Rekening houden met het weer in Bodoquena is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk oktober en september, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 21 °C De maanden met de meeste regen in Bodoquena zijn februari, januari, december en maart. Deze maanden valt er gemiddeld 241 mm regen.