Rekening houden met het weer in Zipaquira is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk september en januari, met een gemiddelde temperatuur van 13 °C. De koudste maanden zijn januari en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 13 °C De maanden met de meeste regen in Zipaquira zijn april, november, maart en mei. Deze maanden valt er gemiddeld 297 mm regen.