Rekening houden met het weer in São Borja is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C. De koudste maanden zijn juli en juni, met een gemiddelde temperatuur van 16 °C De maanden met de meeste regen in São Borja zijn oktober, november, januari en december. Deze maanden valt er gemiddeld 201 mm regen.