Het weer speelt waarschijnlijk een grote rol als je je reis plant naar Santo Tomé del Puerto. Vergeet niet dat de goedkopere opties meestal beschikbaar zijn als het weer minder goed is. De warmste maanden zijn gewoonlijk juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 20 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 4 °C De gemiddelde jaarlijkse neerslag in Santo Tomé del Puerto is 605 mm.