Rekening houden met het weer in Pontebba is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 15 °C. De koudste maanden zijn januari en februari, met een gemiddelde temperatuur van 0 °C De maanden met de meeste regen in Pontebba zijn november, augustus, mei en juni. Deze maanden valt er gemiddeld 244 mm regen.