Je voorbereiden op het weer is een belangrijke factor om zowel rust als plezier te vinden tijdens je reis naar Pekalongan, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk oktober en mei, met een gemiddelde temperatuur van 28 °C. De koudste maanden zijn augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C De maanden met de meeste regen in Pekalongan zijn februari, januari, december en maart. Deze maanden valt er gemiddeld 453 mm regen.