Rekening houden met het weer in Huánuco kan helpen om meer tijd aan het zwembad door te kunnen brengen tijdens je reis. De warmste maanden zijn gewoonlijk november en oktober, met een gemiddelde temperatuur van 14 °C. De koudste maanden zijn juli en augustus, met een gemiddelde temperatuur van 13 °C De maanden met de meeste regen in Huánuco zijn februari, januari, maart en december. Deze maanden valt er gemiddeld 352 mm regen.