Rekening houden met het weer in Custer is belangrijk voor het plannen van je reis, vooral als je aan het zwembad wilt liggen. De warmste maanden zijn gewoonlijk augustus en juli, met een gemiddelde temperatuur van 19 °C. De koudste maanden zijn februari en januari, met een gemiddelde temperatuur van -2 °C De maanden met de meeste sneeuw in Custer zijn januari, maart, november en december. Deze maanden valt er gemiddeld 23 cm sneeuw.