Je voorbereiden op het weer is een goede manier om je reis naar Cuajiniquil tot een succes te maken, vooral als het een beetje meer mag zijn. De warmste maanden zijn gewoonlijk maart en april, met een gemiddelde temperatuur van 27 °C. De koudste maanden zijn december en januari, met een gemiddelde temperatuur van 26 °C De maanden met de meeste regen in Cuajiniquil zijn oktober, september, juni en augustus. Deze maanden valt er gemiddeld 390 mm regen.